Το Ανατολικό σκέλος του Epirus Trail ξεκινά από την Κόνιτσα, περνά από την Εξοχή, ανεβαίνει στον Αμάραντο και τα Λουτρά Αμαράντου και διασχίζοντας μια απόκρημνη κοιλάδα φτάνει στην Πυρσόγιαννη.

Από την Πυρσόγιαννη, πατώντας σε παλιούς δρόμους και μονοπάτια φτάνει στο Ασημοχώρι, δρασκελίζει το πολύβουο Βουρμπιανίτικο ρέμα και τις ράχες του Γράμου και καταλήγει στην Αετομηλίτσα.

Από την Αετομηλίτσα, κατηφορίζει αποφασιστικά προς τος Σαραντάπορο, περνά από τη Δροσοπηγή, και σκαρφαλώνοντας στο Ταμπούρι κατεβαίνει στην Αγία Παρασκευή. Από εδώ, ανηφορίζει τον Βαθύλακο, περνά από την κορυφή του Σμόλικα και κατεβαίνει στο Παλιοσέλι.

Από τo Παλιοσέλι, δρασκελίζει τον Αώο, ανεβαίνει στο Βρυσοχώρι, περνά στο Ηλιοχώρι και φτάνει στη Λάιστα. Από τη Λάιστα, περνά τη Μόρφα και κατεβαίνει στη Βoβούσα. Συνεχίζει ανάδρομα του Αώου, μπαίνει στο Αρκουδόρεμα, ανηφορίζει τον Αρκουδόλακκο και μετά τις Λίμνες της Φλέγκας κατεβαίνει στο μεγάλο οροπέδιο των Πολιτσών, από όπου καταλήγει στο Μέτσοβο.

Το σκέλος αυτό έχει μήκος περίπου 190 χλμ και έχει κατατμηθεί σε 14 ημερήσια τμήματα.